Jorge Sampaoli comenzó su carrera profesional como entrenador en el año 2002 dirigiendo al club Juan Aurich, que se encontraba en una situación económica comprometida, ya que tenía deudas con el plantel del año anterior.En la primera semana de enero, el club inició su pretemporada en el puerto de Pimentel con los siguientes resultados: goleó a Coopsol (5-0), perdió con Boys (1-2) y empató con Cristal (2-2) y Olimpia de Piura (0-0).
El entrenador apodado “Hombrecito” en su estancia en Perú, abandono el club de Chiclayo luego de disputar 8 partidos oficiales, registrando cinco derrotas, dos empates y una victoria. En una entrevista con Jorge Valdano, el santafesino señalo como que su paso Juan Aurich fue una experiencia espantosa debido a que el presidente dejo el cargo a los tres meses y él se tuvo que ir del club.
En junio, Sampaoli llegó al Sport Boys en un momento muy delicado, ya que el “rosado”se encontraba en los últimos puestos de la tabla. Su paso por este club fue destacado, ya que consiguió terminar en los primeros puestos en todas las campañas que disputó. Su ayudante, Sebastian Beccacece, se sumaría al cuerpo técnico luego de viajar en micro desde Rosario a Lima.La huelga de futbolistas de 2003 arruinó su clasificación a la Copa Libertadores, momento en el que su equipo se encontraba en los primeros puestos.
Luego de la frustrada clasificación, el técnico se despidió del club en enero de 2004 señalando que «no estoy de acuerdo con el proyecto del Sport Boys, que no tiene nada que ver con el mío». Estuvo al mando del equipo de Callao en 59 partidos, en los que registró23 victorias y 18 derrotas. Tres meses después, el “Hombrecito” fue contratado por Coronel Bolognesi.
Su primera campaña fue irregular, con muchos altibajos en el campeonato local y la posterior eliminación de la Copa Sudamericanaa manos de Alianza Atlético.En 2005, Sampaoli llevo al club al quinto puesto en el acumulado entre los torneos Apertura y Clausura, logrando clasificar a la Copa Sudamericana. Luego del gran paso por Bolognesi, tuvo una reunión con el presidente de la Federación Peruana de Fútbol, para ver la chance de tomar la selección peruana, pero esa posibilidad no tuvo lugar.
En la temporada 2007 fue contratado por el Sporting Cristal. En su presentación, declaró que «la idea no se centra solo en este año, es un proyecto». El santafesino permaneció en el cargo solamente un torneo por conseguir malos resultados al ganar 4 partidos de 17. Se conoció luego que su metodología de trabajo no era del gusto de los jugadores con mayor trayectoria en el club. Este fue el fín de su ciclo como entrenador en Perú, donde dirigió 209 partidos, registrando 83 triunfos y 75 derrotas.
Chafi Simán