Agropecuario nació en 2011 creado por su actual propietario, Bernardo Grobocopatel, el empresario sojero más importante de Carlos Casares. Grobocopatel es conocido también por su amor al deporte, es por eso que pensó en gestionar una entidad de la localidad, pero tiempo más tarde decidió fundar su propio club para llevarlo de a poco a ser el más importante de la ciudad.
Una vez concretado el sueño de la creación del club, tuvo que afrontar el primer compromiso de la nueva institución: La Liga Casarense de Fútbol 2011-2012, torneo del cual saldría campeón a final de temporada clasificando así al Torneo Argentino C.
El debut por torneos de AFA fue soñado: Goleada 4 a 1 de local ante FC Argentino de Trenque Lauquen. En este certamen llegó hasta cuartos de final, cuando fue eliminado por el Club Atlético French, pero algo ocurrió en el medio, sus actuaciones destacadas derivaron en una invitación al Torneo Argentino B del año 2013.
Después de participar ininterrumpidamente en la cuarta categoría de futbol argentino hasta 2016, con varias buenas campañas pero siendo eliminado en los distintos partidos mano a mano (Juventud de Pergamino en el Federal B 2014 y Sansinena en el 2015), llegó el Torneo Federal B 2016 el cual solo duraría un semestre. El objetivo era claro, con un torneo corto por delante y un plantel reforzado para afrontarlo de la mejor manera, solo había una manera de terminar la historia: Lograr el tan ansiado ascenso.
En la Fase de Clasificación finalizó segundo, detrás de Sansinena. En octavos de final, eliminó a Sol de Mayo de Viedma con un global de 4-2. En cuartos, llegó el turno de Independiente de Chivilcoy, al cual venció por penales, tras empatar ambos cotejos. En semifinales, enfrentó a Bella Vista de Bahía Blanca, a quien pudo eliminar con un global de 2 a 1, y sacar así un pasaje a la definición. En la tan ansiada final se midió con Desamparados de San Juán; primero en Carlos Casares, con ventaja para Agropecuario por la mínima, y luego visitando El Serpentario, donde cayó 2 a 0 y acabó segundo.
En consecuencia, el sojero tuvo que buscar otra chance de lograr su objetivo, disputando un tercer ascenso en dos partidos ante San Martín de Formosa. El primer chico fue en la cancha del santo formoseño, el cual culminó en empate a cero, sembrando grandes expectativas para el partido de vuelta en la provincia de Buenos Aires. El segundo cotejo se caracterizó por ser sumamente reñido, donde además Agropecuario marró un penal en los pies de Salort. El partido finalmente terminó como el duelo de ida y el ascenso se definió desde los doce pasos con resultado de 3 a 1 a favor de la entidad de Casares, logrando así el objetivo planteado a principio de la temporada: jugar el año siguiente en el Federal A.
El 2017 comenzó auspicioso para la Cenicienta del Federal A, ya que tras situarse tercero en la zona B, (debajo de Unión de Sunchales y Gimnasia de Mendoza) logró el pasaje al pentagonal final que daba dos pasaportes al Nacional B, y después de cosechar diez puntos en cinco partidos, se ganó el derecho de disputar la temporada 2017/2018 en la segunda divisional del país. Increíble, pero real la historia del “Sojero” de Carlos Casares.